V r. 1498 se Kolumbus vydal do Západní Indie s další výpravou , v níž bylo i třicet žen, které se měly stát manželkami španělských osadníků. Tři z lodí pluly přímo na Hispaniolu, ale Kolumbus se s dalšími třemi vydal jižněji, a tak se dostal k ostrovu se třemi horskými štíty, který nazval Trinidad. Plavil se dál na západ do zálivu Paria a 5.8. 1498 krátce spočinul i na jihoamerické pevnině, na pobřeží dnešní Venezuely
Perlové náhrdelníky, které nosily tamější ženy, vzbudily mezi Španěly vzrušení a pokládali je za důkaz, že se skutečně dostali do Orientu. Odtud jel na Hispaniolu, kde zjistil, že došlo ke vzpouře proti jeho bratrům. Protože tuto situaci nebyl schopen zvládnout, tak ze Španelska vyslali nového guvernéra, aby převzal vládu. Guvernér zatkl Kolumba i s jeho bratry. Dal jim nasadit okovy a poslal je zpátky do Cádizu, kde Kolumbus v říjnu r. 1500 přistál. Ferdinand a Isabela ho nakonec propustili z vězení, ale jako správce ztratil všechnu jejich důvěru.