Urychleně byla vypravena druhá výprava a to mnohem větší celkem 17 lodí, která měla osídlit Hispaniolu, prozkoumat Kubu a zabránit jakémukoli pokusu Portugalců proniknout do oblasti. K výpravě byli přiděleni královští zmocněnci, s nimž Kolumbus nevycházel dobře. Ti za Kolumbovými zády posílali do Španělska zprávy o tom, jak Kolumbus zneužívá svou moc, a to postupně podlamovalo jeho autoritu. 25.9. 1493 tedy vyplula z Cádizu na Kanárské ostrovy flotila s tisícem námořníků, vojáků, kolonistů, hledačů zlata a různých dobrodruhů na palubě.
Situace na Hispaniole se nevyvíjela dobře. Kolumbus byl mnohem lepší cestovatel než guvernér. A protože většina nových osadníků myslela jen na to, jak získat zlato záhy došlo ke konfliktu s indiány a k nelibosti královny Isabely byly stovky domorodců posílány lodí do Španelska jako otroci. Navíc se nenašlo tolik zlata, kolik se očekávalo. Začaly se i objevovat názory, že Kolumbus možná objevil jen pár ostrovů. Kolumbus se tedy v roce 1496 vrátil do Španelska. V3.11. stanuli u ostrova, který Kolumbus pojmenoval Dominika.
Pak Kolumbus plul dál a oficiálně obsadil Guadeloupe obývaný kanibalskými Kariby. Dále se plavil kolem Závětrných a Panenských ostrovů k Portoriku a dál na Hispaniolu, kde se dozvěděl o osudu Navidadu . Založil tu první evropské město v Novém světě a na počest královny je pojmenoval Isabela. Pak plul dál a objevil Jamajku, dal jí jméno Santiago. Prozkoumal jižní pobřeží Kuby.